Video: Wat is 'n BAM-indekslêer?
2024 Outeur: Lynn Donovan | [email protected]. Laas verander: 2023-12-15 23:42
A BAM lêer (. bam ) is die binêre weergawe van 'n SAM lêer . 'n SAM lêer (. sam) is 'n tab-geskeide teks lêer wat volgordebelyningsdata bevat. Indeksering : IGV vereis dat beide SAM en BAM lêers gesorteer word volgens posisie en geïndekseer , en dat die indeks lêers 'n spesifieke naamkonvensie volg.
Mense vra eweneens, hoe maak ek 'n BAM-lêer oop?
Van die lêer spyskaart kies Maak oop en kies BAM-lêers van die linkerkant af. Kies knoppie aan die regterkant wat sê Voeg 'n by BAM lêer . Navigeer na die BAM Toets Lêers vouer wat jy afgelaai het, kies with_index_with_graph. Klik Maak oop , kies kaart.
Tweedens, hoe omskep ek 'n BAM-lêer na Fastq? Hieronder is die stappe om BAM-lêer na FASTQ-formaat om te skakel. Dit sal op Linux werk en sal SAMTOOLS en BEDTOOLS benodig
- Laai SAMTOOLS af.
- Onttrek met Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Dit sal 'n gids met die naam samtools-weergawe skep.
- Skuif na die gids cd samtools-weergawe.
Net so, hoe omskep ek 'n BAM-lêer na 'n SAM-lêer?
Om omskep SAM aan BAM , gebruik ons die samtools view-opdrag. Ons moet spesifiseer dat ons insette in is SAM-formaat (dit verwag by verstek BAM ) deur die -S-opsie te gebruik. Ons moet ook sê dat ons die uitset wil hê BAM (dit produseer by verstek BAM ) met die -b opsie.
Wat doen Samtools-aansig?
Samtools is 'n stel nutsprogramme wat belynings in die BAM-formaat manipuleer. Dit voer in van en voer uit na die SAM (Sequence Alignment/Map)-formaat, doen sortering, samevoeging en indeksering, en maak dit moontlik om leeswerk in enige streke vinnig te herwin. Samtools is ontwerp om op 'n stroom te werk.
Aanbeveel:
Wat is die indeks wat vir veelvuldige velde in MongoDB gebruik word?
Saamgestelde indekse
Wat is die eenheid wat gebruik word om die spoed van data-oordrag te meet?
Die spoed waarmee data van een toestel na 'n ander oorgedra kan word. Datakoerse word dikwels gemeet in megabis (miljoen bisse) of megagrepe (miljoen grepe) per sekonde. Dit word gewoonlik onderskeidelik afgekort as Mbps en MBps. Nog 'n term vir data-oordrag is deurvloei
Wat is 'n tydvertragingsaflos wat 'n RC-tydkringbaan gebruik?
Nuwer ontwerpe van tydvertragingsrelais gebruik elektroniese stroombane met resistor-kapasitor (RC) netwerke om 'n tydvertraging te genereer, en aktiveer dan 'n normale (oombliklike) elektromeganiese aflosspoel met die elektroniese stroombaan se uitset
Wat is 'n voorbeeld wat toon dat 'n vermoede onwaar is?
Om te wys dat 'n vermoede onwaar is, moet jy net een voorbeeld vind waarin die vermoede nie waar is nie. Hierdie geval word 'n teenvoorbeeld genoem. Om te wys dat 'n vermoede altyd waar is, moet jy dit bewys. 'n Teenvoorbeeld kan 'n tekening, 'n stelling of getal wees
Wat is 'n skriftaal wat gebruik word om Java-toepassings te bou?
Jacl: Die Tcl Java-implementering. Jython: Die Python Java-implementering. Rhino: Die JavaScript Java-implementering. BeanShell: 'n Java-brontolk wat in Java geskryf is